mirbase
mirbase数据库,数据管理不再仅仅是存储和管理数据,而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。
正文
2014年6月26日,Sanger microRNA 序列数据库(miRBase)升级至 21.0 版本。新版本miRNA数据库升级距上一次数据库的更新(mirRNA20.0 2013年6月25日发布)经历了一年的时间。新的miRBase21.0数据库中,人、大鼠和小鼠的变化不大;人多了3个成熟的miRNA;小鼠多了9个成熟的miRNA;大鼠多了38个成熟的 miRNA。但是,其它物种(蝙蝠,马,羊,眼镜蛇属和三文鱼等物种)有了较大的更新。总计,新增了4196条发夹前体序列和5441条成熟miRNA。
2012年8月1日正式发布了。相比于以往版本的数据库,19.0版数据库进行了巨大的数据更新:miRNA发夹前体序列已升至21264条,新增3171条;成熟miRNA升至25141条,新增3625条;已发布的miRNA序列共涵盖193个物种,相比于18.0版新增25个物种。新版数据库对miRNA序列注释和命名进行了系统的修正,miR*命名已经终止使用,取而代之的是-5p和-3p的命名法。新增成熟体miRNA在动物中最具代表性的有Homo sapiens [人]新增121条,Mus musculus [小鼠]新增124条,Gallus gallus [鸡]新增247条,Bos taurus [牛]新增79条。植物中增长最为显著的是Malus domestica [苹果]新增205条,Glycine max [大豆]新增160条,Populus trichocarpa [毛果杨]新增132条,Cucumis melo [甜瓜]新增117条,Oryza sativa [水稻]新增47条。第一次发布了烟草属 tabacum [烟草] 165条成熟体miRNA。
miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息,详情请访问。
2011年11月4日(北京时间),Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至18.0版。在新版本中,发夹前体序列升至18226条,新增1488条;成熟miR和miR*产物共21643条,新增1929条;新版本报道序列共涵盖个168个物种。从之前的版本(17.0)开始,miRBase一直致力于对成熟序列进行重命名,用-5p/-3p命名法取代miR/miR*命名法。本次更新过程中大约对将近1400条成熟序列进行了重命名,涵盖人、小鼠和线虫3个物种。斑马鱼互补miRNA(miRNA complement)发生了很大的变化,依据Zv9基因组拼装对收录序列进行了合理的调整,删除了26条斑马鱼序列,并新增了12条代表重复基因位点的序列。新增miRNA序列动物中最具代表性的有Homo sapiens [人]新增103条,Mus musculus [小鼠]新增21条,青鳉属 latipes [青鳉]新增152条。植物物种中增长最为显著的是Medicago truncatula [苜]新增260条,Glycine max [大豆]新增159条,Oryza sativa [水稻]新增90条,Arabidopsis thaliana [拟南芥]新增59条。
此外,新版本中首次收录的物种共有15个。 囊泡藻类:Phaeodactylum tricornutum [三角褐指藻] (13)
7个动物物种: Anolis carolinensis [绿安禄蜥] (282), 大袋鼠属 eugenii [尤金袋鼠] (2),Sarcophilus harrisii [袋獾] (67),Rhipicephalus microplus [微小扇头蜱] (24),Ascaris suum [猪蛔虫] (97),Glottidia pyramidata (1),Terebratulina retusa (1)。 6个植物物种:Cucumis melo [甜瓜](3),Acacia auriculiformis [大叶相思] (7),Acacia mangium [马占相思] (3),鼠尾草属 sclarea [熏衣苏草] (18),Bruguiera cylindrica [柱果木榄] (4),Bruguiera gymnorhiza [木榄] (4)。
病毒:Herpesvirus saimiri strain A11 (3)。